故事的開始是被認為是宇宙中心的星球，銀河鐵道的全部乾線的起點站迪斯迪尼(Destiny)。有紀學為了繼承不在世的父親和哥哥的遺志，加入守護銀河鐵 道的安全的空間鐵道警備隊(簡稱SDF)。SDF為了守護在宇宙被認為是正確的銀河鐵道的運行日程，應付在各線路發生的事故，如災害、救命急救、宇宙海盜 的討伐等。 與SDF與銀河鐵道全線拉上關系的是一神謎的美女Layla Destiny Shura，她持有看出人和生物，行星的命運的能力。她並不會隨時使用其力 量，讓旅客自己尋找自己的方向，可說是一個「命運的守護者」。可是，有人用邪惡的力量打算改變旅客的命運，迫使她發動出隱藏的力量。
高中毕业后，因为游泳而互相牵绊的遥等人朝着不同的方向前进。遥在东京，与曾经一同游过接力的椎名旭相遇了。唤醒了中学时代记忆的遥，心中苏醒的是“那时”的郁弥的身影。 和遥一起前往东京的真琴，开始朝着新的梦想前进。来到悉尼的凛，在新的天地实现了意外的相遇。 在各自的未来中等待着他们的，是新的战斗吧。还是，与残留的过去的记忆对峙……？ 小学生、初中生、高中生——然后是大学生。遥和朋友们在水中编织出的关于友情和青春的故事在《Free!-Dive to the Future-》中相互交融！
城北大学学生·筑波洋在练习滑翔机的时侯帮助了被不明组织追赶的改造工学者·志度博士。博士曾是与企图征服世界的组织·新修卡的合作者，但由于组织的残忍做法而令博士的良心受到谴责，从而选择逃离新修卡。洋为了匿藏博士而被新修卡的怪人打至垂死。博士为了救活洋而回到了新修卡，并把洋改造为改造人。 复活后的洋与博士一起逃离了新修卡。而为了保护人类，洋变身了，博士将变身后的洋称作“假面骑士”。
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
モンスターの心を癒す力を持つ癒術士の少年・ユウは、幼い頃に父から不思議な瓶をプレゼントされる。 ユウが瓶に触れると中から出てきたのは液体状の少女・メルク。 そしてユウと出会う前の記憶がないメルクは自分が何者なのか知りたいと言い、2人はさまざまな国を巡る旅に出た。 モンスター恐怖症の見習い癒術士ユウと、瓶詰め少女のメルクが巻き起こす2人のコミカルファンタジー開幕。
故事讲述住在诺斯特拉达姆斯邻镇的努斯特拉达马斯留下了一个预言：“在 20 和 23 并列的年份，天上会降下两道光芒。一道是黑暗之光，另一道是小小的白光……不久，黑暗之光就会拥有强大的力量，扰乱和平，给世界带来巨大的混乱。”然后 2023 年夏天，两道光从宇宙接近。等待晚饭的新之助被白色的光击中了，身体充满不可思议的力量。“屁股……屁股热乎乎的……”一用力，玩具就会漂浮在空中！这是才能利新之助诞生的瞬间。另一方面，沐浴着黑光、成为黑暗护手的男人的名字是非理谷充。打工不顺利，推的偶像结婚，甚至被误认为是暴行犯而被警察追赶的他，因为得到了力量而发誓要对这个世界复仇。希望世界毁灭的非理谷 VS 新之助。超能力大决战即将拉开帷幕！今年夏天，面对面对绝望的新之助放出的光芒，胸口和屁股都变得热乎乎的……
