俺の戦うべき相手は――まだこの街にいる。少年は選んだ、自分の信念を。そして、少女を守ることを。 魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉 が願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」。10年ぶりに冬木市で始まった戦争は、「聖杯戦争」の御三家と言われた間桐家の当主・間桐臓硯の参戦により、歪み、捻じれ、拗れる。臓硯はサーヴァントとして真アサシンを召喚。正体不明の影が町を蠢き、次々とマスターとサーヴァントが倒れていった。 マスターとして戦いに加わっていた衛宮士郎もまた傷つき、サーヴァントのセイバーを失ってしまう。だが、士郎は間桐 桜を守るため、戦いから降りようとしなかった。そんな士郎の身を案じる桜だが、彼女もまた、魔術師の宿命に捕らわれていく……。 「約束する。俺は――」 裏切らないと決めた、彼女だけは。少年と少女の切なる願いは、黒い影に塗りつぶされる。
突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。 意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的,便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力, 被称为“子体”的兵器。 负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。它——竟拥有少女的外表。 因“灾”的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”, 他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬”。 身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬,还有一心向往天空的少年, 两人漫长且炙热的故事就此展开。