《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
有这样一个世界，万千大陆像浮岛一样漂浮在宇宙中，它们之间只能靠银河带相连。银河带无时无刻不在移动，进入银河，很可能再也回不到原来的世界。一名旅行者与一位厨师在此相逢，他们背着一本大食谱，穿越条条银河，展开了一场奇幻的美食之旅。悬挂于空中的透明鱼卵，沉淀在谷底的长生浆雾，藏在石头中的巨虾，能够触碰的绚烂极光……
故事发生在遥远的“猪猡纪”，那是一个由猪统治地球的年代。那时，小动物们对地球上各种资源开始了无节制地开采，导致整个地球乌烟瘴气，自然环境受到严重破坏。为了保护环境，扭转地球生态恶劣的局面，“猪猪侠”克服重重困难，终于研制出了一个具有神秘力量的“魔法智慧球”，自己却陷入到三千年才可轮回转世的魔咒当中，离开了人世。 他把“魔法智慧球”交付给了当时身份是厨师的王小二，并叮嘱他一定要完成拯救地球环境的使命。然而后来王小二背信弃义，利用“魔法智慧球”开创自己的王国，对地球环境的破坏更是变本加厉，人类生存苦不堪言。
