沉没多年古船离奇现世，男孩馒头意外闯入，却发现船上聚集着诸多亡魂……一场大雨过后，“蝼蚁”重生，命运会有改变吗？
每当大象市出现危机时，就会有三个铠兽超人挺身而出，他们就是阿呜、浣影和蓝方包。某天，阿呜家来了个名叫依乐的智能生命，她告诉阿呜他们，智能次元出现了一个叫零的邪恶的智能生命，它企图统治整个人类世界，并感染了其他智能生命，导致它们暴走，引发了一系列的破坏和灾害。为了保卫城市，阿呜三人和依乐组成了全新的铠兽战队。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
