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那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。                                                                      　　流德雪尔率领的〈光之圣痕〉与魔神族的圣战，激化至波及布里塔尼亚全境。                                                                      　　取得3个戒禁的艾斯塔罗萨失控暴走，带走了伊丽莎白。金、高瑟、霍克、沙利叶、塔米叶紧随其后，抵达了天空演舞场遗址。                                                                      　　与此同时，在卡美洛城中，决定成为新魔神王的梅利奥达斯，在暗黑领域的茧中逐步获取戒禁。                                                                      　　为了拯救梅利奥达斯的灵魂而将自身投入炼狱的班，徘徊于常人决无法存活的瘴气当中。                                                                      　　逐渐明朗的艾斯塔罗萨的真正身份。崩坏的高瑟之禁咒。纠缠在一起的思绪将去往何方……                                                                      　　真正的敌人是谁？应讨伐之人为何物？                                                                      　　对抗“永远的生与永劫的轮回”这一命运，而持续了3000年旅程的梅利奥达斯与伊丽莎白。两人的旅途将会迎来怎样的结局——

利用检测杀意的系统“罔象女”搜查犯罪事件的组织，通称“仓”。 然后，神探·酒井户身为“罔象女”的驾驶员进入犯人的深层心理“杀意世界（井）”，对事件进行推理。 他不断追寻着频繁发生、谜团重重的凶恶事件，以及在其中若隐若现的连续杀人鬼制造者“约翰·沃克”的影子。

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

　　这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么？
　　东京都高度育成高等学校。那是宣扬彻底的实力至上主义，以升学率·就业率100%而引以为豪的升学学校。升入那里，被分配到1年D班的绫小路清隆，却发现学校与实力至上主义的招牌相反，学生每个月会得到相当于10万日元、与现金同等价值的分数，在授课和生活态度方面也贯彻放任主义。在梦幻般的高中生活当中，不断地挥金如土、过着自甘堕落日子的同班同学们。但，不久他就得知了学校系统的真面目，并被打入绝望的深渊……！
　　来自吊车尾聚集的D班的少年少女们所发现的，是世界的矛盾，还是正当的实力社会？