1614年，德川家康73岁，年迈的他必须在两个儿子之间为他的将军之位选一名继承人。难以决断的德川家康将决定的权利交给当时势均力敌的两大忍术宗家，它们分别是甲贺流和伊贺流。在前人服部半藏的调解下，曾经水火不容的两家签下了“不战条约”，但在权利和政治的挑拨之下，条约被撕毁了。 两家各派出十名忍者，他们要相互残杀直至仅剩一方幸存，而幸存方所支持的对象即可成为下一代将军。其中，甲贺流的头领甲贺玄之介（鸟海浩辅 配音）与伊贺流的头领胧（水树奈奈 配音）在战前曾经是两情相悦的恋人，与此同时，甲贺流与伊贺流的一些成员之间也有着复杂的感情纠葛。但是此时此刻，仿佛被丝线牵引的人偶，他们必须摒弃所有的感情，展开一场血腥残酷的厮杀。
故事发生在遥远的未来，金城拓人（保志总一朗 配音）本是一位平凡的大学生，某日，他和女友玛琪（桑岛法子 配音）参与了一场实验，然而，实验中发生了事故，导致邪恶的外星人弗兰克复活，试验所惨遭破坏，玛琪丧命，拓人亦因此而遭到了毁容。 在神秘人的帮助之下，拓人捡回了一条命，并且以龙·索玛的身份重新回到了大众的视线之中，此时的他内心里只有一个念头，那就是找到弗兰克，为女友报仇。从实验室逃脱之后，弗兰克意外邂逅了名为哈迪（桑岛法子 配音）的女子，并且成为了她的保护着，与此同时，哈蒂在机缘巧合之下成为了拓人的战友，命运让深陷情仇的三人再度相遇。
进入北宇治高中就读的主人公黄前久美子，在同班同学加藤叶月的热烈影响下加入了该校的吹奏部。北宇治高中吹奏部直到5年前还是关西大会的常客，并且过去还是全国大会出场过的强校代表，然而自从顾问换了之后，该吹奏部就再也没有挺进过关西大会。之后以新顾问的赴任为契机，怀揣着高远目标的部员们挥洒着奋斗的青春，过着波澜万丈的每一天。终于，比赛的日子也即将到来……
「陰の実力者」に憧れた少年は、道半ばで命を失い、シド・カゲノーとして異世界に転生した。新たな世界で「陰の実力者」設定を楽しむことにしたシドは、陰に潜み、陰を狩る者──シャドウを演じ、付き合いのいい配下の少女たちと闇の教団に対抗する「シャドウガーデン」を組織する。すべては妄想の産物……そのはずだった。ところが世界の闇たる「ディアボロス教団」は実在し、シドの知らぬところで「シャドウガーデン」は教団との抗争を繰り広げていた。次なる舞台は「血の女王」「妖狐」「暴君」の三勢力が統治する無法都市。そこは、ならず者がはびこる弱肉強食の世界だった。吸血鬼たちの支配者「血の女王」の討伐のため、姉のクレアに連行されてきたシドは、またとない「陰の実力者」ムーブの機会に心を躍らせるのだが……。「血の女王」を巡る陰謀が動き出し、無法都市は三つの勢力が入り乱れる。さらに姉のクレアも騒乱に巻き込まれ、シャドウガーデンも独自に行動。混沌を極める中、シドは人知れずシャドウとして暗躍しようとする。赤き月は昇り、覚醒の刻は来た──！
