《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
超迷你战士与超超迷你战士通力合作，利用加减乘除的力量将所有烦恼星人全部变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的乱来之力让超迷你战士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦战士又惹出了大麻烦。正能量的女娃博士率领超迷你战士和超超迷你战士齐心协力打败烦恼和麻烦，拯救人类。
各怀绝技的“憨八龟、白精灵、铁甲小子、宝宝熊、百丈跳”组成了“垃圾拯救队”，援救被骗至地球的费沙星球王子——星际流；为了破坏和平，地球首相井上雄命令鹰明教授不断研发“变兽特战队”一路追踪垃圾拯救队，企图抓捕星际流。垃圾拯救队为了保护星际流与“变兽特战队”展开了一次次激烈的战斗，而星际流却并不完全信任憨八龟他们。在“变兽特战队”的追捕下，憨八龟和伙伴们穿越了中国和世界各地的历史文化古迹。体现了坚不可摧的团队精神和难能可贵的正义感。
慕天星与凌冽虽然一开始有些不愉快，但长时间的相处下来，却意外地合拍。两人就这样一点一点地萌生了爱意，凌冽决定正式向慕家提亲。然而天星爱慕者的阻拦，凌冽的神秘身份都让两人的爱情道路更加艰难。第二季来临，且看明亮如星的小天使如何驱除小少爷心中的阴冷与黑暗，排除万难，让两人共同走向美好的明天。
