经历了两个冒险事件的吴邪从南沙回到杭州后，在修养期间，突然接到了久未谋面的发小老痒的电话。老痒和吴邪讲述了自己三年前在秦岭山腹地的冒险见闻，并邀请吴邪一同前去冒险，再探上古遗迹。吴邪和老痒出发前往了秦岭山脉探险，在这里，他们见到了巨大的哲罗鲑、壮丽的地下河瀑布、不可思议的上古神树…而一直神出鬼没的张起灵，竟也在暗中帮助着吴邪。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
