神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
在苏绿夏离开十年后，第一个古代小世界自行演绎出一个新的小世界。此时，出过一位太后的苏家已经是本朝第一外戚，地位煊赫。而登基为帝的允聆在满朝文武的苦劝下，终于同意选秀。身为庶女的苏明月原本该一路神挡杀神、佛挡杀佛，搞掉所有的竞争对手，走上人生巅峰，却在设计嫡姐苏梓月后，遇到了被召唤而来的苏绿夏，两个女人在后宅展开了不见血的斗争。苏绿夏与小奶狗允聆的再续前缘，究竟会碰撞出怎样的火花？又将如何甜蜜撒糖？
地球少年龙翔无意中碰触爷爷的龙神手镯，穿越时空，来到泛古大陆。 龙翔目睹了邪恶势力霸占森林、驱逐百姓的情景，邪恶的百合甚至用特定的药物将善良的恐龙变为他们的爪牙。为了捍卫大陆和平，阻止邪恶势力的意图，龙翔担负起了拯救泛古大陆的使命，必须抢在他们之前找到龙晶体。只有集齐四块龙晶体的力量，才能唤醒龙神，驱除邪恶。同时，龙翔也只有借助龙神的力量才能返回地球 。于是，正反双方的龙晶体争夺战一触即发…
