灵气复苏，整个世界都被浓郁的灵气所覆盖，地球上的生物被此影响。人类开始觉醒，拥有更强的力量。人类以外的生物同样在灵气影响下飞速进化。一些强大而神秘的种族悄然崛起，传说位于力量顶点的便是——异皇族。机缘巧合，异皇族皇子的灵魂穿越附身在普通人类青年黄尚的身体……
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
适龄启蒙，亲子共跳。身体是宝宝的第一语言，《超级宝贝JOJO》第二季以适合1-3岁孩子成长生活的律动舞蹈、亲子游戏扮演等体能活动促进肢体、感觉综合发展。培养孩子的肢体协调、模仿与表达力。帮助宝宝健康律动与世界探索，并为家庭游戏提供参考，鼓励家长一起参与让孩子的世界更健康、有爱和宽广。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
