神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
故事发生在遥远的“猪猡纪”，那是一个由猪统治地球的年代。那时，小动物们对地球上各种资源开始了无节制地开采，导致整个地球乌烟瘴气，自然环境受到严重破坏。为了保护环境，扭转地球生态恶劣的局面，“猪猪侠”克服重重困难，终于研制出了一个具有神秘力量的“魔法智慧球”，自己却陷入到三千年才可轮回转世的魔咒当中，离开了人世。 他把“魔法智慧球”交付给了当时身份是厨师的王小二，并叮嘱他一定要完成拯救地球环境的使命。然而后来王小二背信弃义，利用“魔法智慧球”开创自己的王国，对地球环境的破坏更是变本加厉，人类生存苦不堪言。
红小豆是一颗梦想着被吃掉的红豆，尽管四季都没被吃掉，但依旧每天在甜品食物里上班，努力实现自己的梦想。他和老朋友珍珠李建勋、芦荟安东尼和枸杞建国老师...一起在食物上经历了许多趣事。这一季，红小豆在新食物上交到了各有特色的新朋友，还在新增的特别版故事里展开了新的奇遇，让红小豆得到了全新的体验。
