《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
中国某朝代的皇太子一次民间出巡，邂逅了一位民间女子，并生下一个女儿，但却适逢盗贼作乱，皇太子与母女俩失散多年。数年后皇太子已登基为皇帝，与女儿重逢后发觉女儿在民间流落多年，沾染了民间市井之气。皇帝决定将女儿重新教导成一个高贵的格格。但格格早已习惯自由自在的生活，她那顽皮捣蛋的可爱性格却为严肃乏味的皇宫带来了新气象，故事由此而起。
迷拉星的英雄之子卡卡，身体被邪恶力量入侵，随着少年长大，这份力量也在酝酿着毁天灭地的灾难，却又在冥冥之中指引着守护的道路…… 传说中的守护神黑龙，青梅竹马的部落公主妮妮，养育他长大的部落酋长巴拉贡，还有可爱捣蛋王熊仔，因信念集结，为守护而战！ 为了从虚空军团手中拯救部落，部落禁地、地底世界、异次元空间，还有食人花、大石龟等危机层出不穷！家园千钧一发，少年无畏昂首，只要拥有一颗守护的心，关山横槊万夫莫来！
