自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

　　结城頼（森久保祥太郎 配音）和结城郁（中原麻衣 配音）是一对双胞胎兄妹，感情十分要好的两人甚至在童年时期许下了结婚的懵懂诺言。可是，随着年岁的增长，郁发现曾经温柔的頼对自己的态度越来越冷淡，着让她感到十分的疑惑。
　　頼和一直追求自己的女生楠友华（川上伦子 配音）开始了交往，但这更让他感受到对妹妹的无法遏制的感情。同时，哥哥交女朋友的消息也让郁开始逐渐正视起了自己心中的不安和骚动，几经波折，兄妹二人终于相互吐露的心声。然而，这是一段注定要受到斥责和诅咒的爱情，世界如此之大，却也容不下小小的，相爱的两人。在痛苦和绝望之中，兄妹二人会做出怎样的选择呢？

改编自同名轻小说作品，动画以魔族与人共同生活的街道为舞台，讲述了为各种魔物娘们看病的新人医生和医生的助手的日常生活故事。

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

　　电击文库最畅销的轻小说《魔法禁书目录》曾在2008年10月由J.C.Staff改编成同名TV动画并大获好评，其外传《某科学的超电磁炮》也于09年10月改编成TV动画，相信不少观众早已拜倒在炮姐裙底的安全裤上。5月20日从日本著名的映像出版会社TSUTAYA传出了2010年秋天动画二期的图片。

　　2095年10月31日。
　　未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。
　　自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，
　　世界因新的战略级魔法师登场而震撼。
　　其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感，
　　为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。
　　约两个月后的12月24日。
　　就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，
　　达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。
　　雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，
　　是和她同龄的女孩子。
　　与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。
　　她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。
　　她身为STARS历代最年轻的总队长，
　　是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。

住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境

我是圭太，一名正准备中考的学生。                                                                      　　我正在一对双胞胎姐姐的帮助下努力学习。                                                                      　　但该说是幸福呢还是不幸呢，两人都超积极！                                                                      　　而且都是回头率十分高的美少女。                                                                      　　究竟这禁忌之恋能否实现呢？……                                                                      　　啊不是！是能否考上高中呢！？                                                                      　　当初圭太虽表现得很讨厌，但逐渐和双胞胎姐姐亚香、理香的距离缩短了……                                                                      　　在姐姐们各自的要求下，嘴唇曾几次互相重叠。                                                                      　　在不知不觉间已向禁断的二等边三角关系迈进……

世界最强的吸血鬼与剑巫少女交织的故事，现在再次开始！新的故事则在卷入了阿尔迪基亚王国的事件过后，于“弦神岛”邻近建造的新度假设施“蔚蓝乐土”开始了