柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

　　故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

　　某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。
　　他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……

　　《晚餐》（原作：山田咏美）自幼随波逐流，从未得到家人夸赞的美美（中越典子 配音），兀自品尝着婚后的寡淡味道。直到某一天，他与爽朗的垃圾清洁工纮邂逅，其黯淡的人生总算有了色彩，美味的料理充满爱情的甜蜜味道。
　　《人生Best》（原作：角田光代）年届四十的鸠子（中谷美纪 配音）是某化妆品策划开发部门的课长助理，她出身东大，美丽端庄，然而恋爱之花始终未曾绽放。期待看到初恋男友，她鼓起勇气迈向同学会的会场。
　　《不在他处，正是此地》（原作：山本文绪）丈夫失业，女儿夜不归宿，儿子态度冷淡，年过四十的家庭主妇真穗（木村多江 配音）操持家中一切，夜晚在便利店打工贴补家用，徒劳担忧着子女的未来，不得闲暇，几近崩溃。

　　以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……

　　毛查查（丘梅君 配音）出生在毛球星，他和弟弟毛啦啦（林丹凤 配音）、妹妹毛噜噜（沈小兰 配音）一起千里迢迢来到了地球，只为了寻找传说中的莫哈拉达摩佳宝藏。在地球，毛查查一行人偶然遇见了善良的空夫（蔡惠萍 配音）和美琪，毛查查更是成为了空夫家中的暂住客。
　　在空夫的帮助下，毛查查踏上了寻找宝藏的旅途，同样在寻找宝藏的，还有毛查查的旧相识毛毛查（谢洁贞 配音），毛毛查立志要在毛查查之前找到宝藏，因此两人之间的竞争十分激烈。在寻找宝藏的过程中，毛查查和空夫一起经历了磨难，遭受了考验，两人之间结下了深厚的友谊，那么他们最终能否顺利找到宝藏呢？

　　"　　魔界树篇
　　自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣，但却分别爱上小兔和阿卫，使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现，小兔首先被露娜唤醒记忆，再次成为爱与正义的战士，保卫地球。小兔不想让其它人再度作战，努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢复了四战士的记忆，于是美少女战士再度集合，为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了，但阿卫仍未回复记忆，小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面的帮忙，却出现了一个神秘人月影骑士，也经常帮助水手服战士。小兔的胸针被卡魔人打碎后，又把银水晶镶进去，获得了更强的月水晶威力。魔界树快要枯死了，安发现它对小兔的能量有反应，于是命卡魔人把小兔捉住，献给魔界树，使它吸收小兔的能量。小卫巧合地和小兔同被魔界树捉住，魔界树吸收他们的能量后，开始急速膨胀，它的树枝把整幢大厦包围了，四位战士也来到，要救小兔和阿卫。小兔和阿卫互相关心对方，岩和安妒忌他们的亲密，攻击二人……
　　黑月帝国篇
　　神秘少女小小兔从天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，从此寄住月野家。小卫突然要和小兔分手，小兔大为紧张，用尽方法只想再和小卫在一起。小小兔的目的原来是要找寻银水晶，救她的妈妈。她同时又被神秘的黑月帝国一族追杀，她每次被逼到无路可逃时，都会发出强大的能量，战士们于是能够朝能量发出的方向去救她。五位战士再度掌握新必杀技，对抗敌人。敌人中的魔界四姐妹，分别也拥有和四战士相似的力量，常常和战士们激战。四姐妹开始对黑月帝国的做事方法产生疑惑，加上她们的上司宇伯鲁斯对待她们的残酷手段，终于令她们改邪归正，在战士们的帮助下，重获新生。神秘新战士水手冥王星登场，使战士们对小小兔有更深的认识。经过一番波折，阿卫终于摆脱心魔，再度和小兔在一起。输送黑暗能量的暗黑之门完成，小小兔也带着众战士穿越时空，到达未来的水晶东京。在那里，战士们知道了黑月帝国的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿卫的女儿。小小兔独自走出水晶宫殿，被黑月帝国的瓦斯曼迷惑，错信父母和其它战士都不爱她，于是接受黑暗能量，变成黑暗淑女。黑月帝国狄曼特王子和沙菲尔王子被瓦斯曼杀死，瓦斯曼的野心完全暴露出来。在瓦斯曼的迷惑和战士们的真爱下，小小兔的思绪开始极度混乱，瓦斯曼见她动摇，把她和小兔、阿卫用黑暗力量包围起来，三人处境危险，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿卫用自己全部的力量不惜生命要唤醒小小兔，小小兔最终回忆起大家的好，恢复了原样，并决定为这个世界和未来的世界尽自己的努力。最终两个兔子用现在和未来的两颗银水晶打败瓦斯曼拯救了地球。最终世界和平，小小兔也回到了恢复正常的未来世界。"

　　平安时代末，天灾人祸，世道离乱，横尸遍野。在这个人吃人的恐怖时代，一条受到诅咒的生命降临人间。年幼的他（野泽雅子 配音）自幼以人肉为食，成为令人闻风丧胆的食人魔。直到与慈悲的法师（北大路欣也 配音），他才终于有了名字“阿修罗”，一句“南无阿弥陀佛”更在阿修罗的心中种下人性复苏的种子。在被人追杀的绝望途中，阿修罗得到美丽少女若狭（林原惠美 配音）给他无微不至的关怀与照顾，野兽般少年的心底善良的花朵绽放。可是在兵荒马乱、人性沦丧的时代。他的美好期望相继落空，留给阿修罗的究竟是什么？
　　本片根据漫画家乔治·秋山（本名：秋山勇二）的同名原著改编。

《小双侠》（英语表记：Yatterman）是从2008年1月14日到2009年9月27日在日本电视台系列上播放并且由读卖电视台和龙之子Production所制作的电视动画。包含限定版、全62话。为从1977年播放到1979年的《小双侠》（以下、本项目写成“第1作”）的重制版，但却未打上“小双侠系列”的标题。也是小双侠系列的第一部重制作品。所要找寻的东西从第一代的“4个骷髅石”到本作变成“要收集一定数量的骷髅指环”并且为了寻找它们而前往世界各地。其他、和第1代的各种要素有所不同。不仅有针对小双侠系列、也有针对许多对龙之子动画作品的致敬而成为集龙之子动画于大成的作品。