主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
现在都市犯罪日益猖蹶时，一个神秘人物崭露头角。他不是警察，也有别于一般私人侦探和保镖，而是位我行我素的侠探，他复姓冴羽，单名獠，人称"城市猎人 "。他身怀绝技，足智多谋，见义勇为而又性情诙谐，即使在难中也要开些超级玩笑：偏偏还能屡屡得到佳人相助，从而演出一幕幕情义交织的精彩活剧……
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？
20XX年8月，东京的银座突然打开了‘门’（ゲート）并从中出现了大量的怪物及仿若中世纪欧洲的骑士组成的军队，杀死了大量的平民，后称此事件为“银座事件”。 在事件发生后的七天，击败敌方军队并顺利攻占异世界的‘门’的日本政府，称‘门’另一边的幻想世界为“特别地区”（简称“特区”)，同时为了调查及防止类似“银座事件”的情况再次发生而派出自卫队，确保‘门’的掌控。 在“银座事件”活跃的主角伊丹耀司（动机是“这样下去同人志贩卖会就要中止了！”），在事件后晋升为二等陆尉(为中尉军衔)，并率领一只侦察队深入“特区”，在为了调查遭炎龙毁灭的村子时结识并与三位美少女（魔法使、精灵、亚神）一起行动。 “银座事件”的当事人要求日本政府向“帝国”讨回赔偿，但对没有人权及国际法等概念的帝国交涉十分的困难。这时垂涎“特区”利益的世界各国也开始干涉自卫队在‘门’的另一边的行动。 ‘门’的另一边，自卫官不断与住在靠近自卫队的桥头堡的避难村民交流，日本（地球）的文化在“特区”逐渐的传播开来。
一个被「沙海」的黄沙的海洋所包围的世界--- 四季分立的大陆漂浮于其上，在那里，被称为兽人的种族支配着人类。 浮在沙海之上的一个小港口城市里工作的青年奇利艾。 「不管世界在什么地方，以什么方式灭亡，都与我无关吧…」 看到了最近在世界范围中引起轩然大波的“世界毁灭委员会”的通缉令， 这个一直顺其自然过日子的青年也只是这样嘀咕了几句。 有一天，人类的少女莫露特出现在奇利艾的城市。她每天都过着逃亡的日子。 这是因为她正是“世界毁灭委员会”中的一员，持有着相传拥有毁灭世界力量的秘宝「破坏之核(destruct code)」的人。 在相遇后，一起行动的奇利艾和莫露特。接着，因为某个契机，小熊族的兽人酷男托皮也加入其中。 三人一同踏上了毁灭世界的旅程。追捕三人的「世界救济委员会」的纳加和莉亚，只要收了钱无论什么依赖都会达成的跑腿专家阿卡恩。还有三人在旅途中遇到的各种各样的人类和兽人们。等待这两个种族混杂的世界的究竟是毁灭，还是救赎呢。
胜改藏（樱井孝宏 配音）曾经是人人羡慕的天才少年，然而，一场意外让他变为了神神叨叨的呆瓜，某日，就读于县立虎马高中的改藏被一尊人体模型砸晕，醒来时发现自己正被一群科学部的同学们团团围住，敏感的他坚信自己已经成为了改造人，于是决定加入科学部，为了保卫世界而和平而展开战斗。 名取羽美（喜多村英梨 配音）是造成改藏现状的罪魁祸首，然而，羽美对于自己的所作所为毫不在意。爱财如命的御姐彩园铃（丰崎爱生 配音）、懦弱不幸的坪内地丹（斋藤千和 配音）、身患“绝症”的山田（堀江由衣 配音），在这些千奇百怪的朋友们的陪伴下，改藏的非日常就此展开。
献给全部的宝可梦迷——。 这是两个人的「相遇」和「约定」的故事。 20周年纪念作品，就此诞生！ 精灵宝可梦，简称「宝可梦」。 是充满各种各样的谜团和秘密的不可思议的生物。 有关它们的生态， 还有很多我们不知道的事情。 今天，宝可梦训练家们也一如既往地， 为了和未曾相见的宝可梦相遇， 继续着他们的冒险…。 住在真新镇的少年小智，迎来了获得成为宝可梦训练家资格的日子，10岁的生日。心中憧憬着未曾见过的宝可梦，未曾见过的世界，小智前往了可以获得伙伴宝可梦的大木研究所，然而由于睡过头的原因，留给小智的只有一只不喜欢人类的皮卡丘。 「你讨厌我吗？但我喜欢你哦！」一开始不相合的两人，渐渐培养了友情。在旅程开始的日子，望着天空中飞过的传说中的宝可梦·凤王的身影，小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言。 「总有一天，会一起和它再见面！」 就这样，为了成为世界第一的宝可梦大师，开始旅行的小智与皮卡丘，在途中遇到了训练家麻琴（マコト）与爽志（ソウジ），并听到了有关凤王的传说。 「被虹色之羽引导，见到凤王的人，会成为虹之勇者。」不知何时藏在小智的影子中的，迷之宝可梦·玛夏多（マーシャドー）出现，并带领着小智一行人前往凤王居住的テンセイ山，不过此时强敌现身了。 两人最终能够见到凤王吗!?为了实现旅行开始那一天立下的誓言，现在，两个人最终成为「真正的伙伴」的冒险开始了！
