2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
在这个世界上，存在着一种名为“怪灵”的生物。故事发生在弗塞亚学院之中，在那里，设立了名为“脑机能异常对策室”的机构，专门解决怪灵带来的危险和麻烦。一条晴彦（下野紘 配音）是一年级新生，亦是对策室的成员，他拥有能够使用绘画封印怪灵的能力，是足智多谋的军师。 川神舞（上坂堇 配音）是一条晴彦的学姐，个性开朗行事冲动的她常常惹出不少的麻烦，和晴彦组成了搭档相互取长补短居然格外的般配。除此之外，温文尔雅的千金大小姐和泉玲奈（早见沙织 配音），特立独行的孤高展示水无濑小系（内田真礼 配音），这些孩子们集结在一起，为了保护他们挚爱的朋友和家园向怪灵发起了宣战。
献给全部的宝可梦迷——。 这是两个人的「相遇」和「约定」的故事。 20周年纪念作品，就此诞生！ 精灵宝可梦，简称「宝可梦」。 是充满各种各样的谜团和秘密的不可思议的生物。 有关它们的生态， 还有很多我们不知道的事情。 今天，宝可梦训练家们也一如既往地， 为了和未曾相见的宝可梦相遇， 继续着他们的冒险…。 住在真新镇的少年小智，迎来了获得成为宝可梦训练家资格的日子，10岁的生日。心中憧憬着未曾见过的宝可梦，未曾见过的世界，小智前往了可以获得伙伴宝可梦的大木研究所，然而由于睡过头的原因，留给小智的只有一只不喜欢人类的皮卡丘。 「你讨厌我吗？但我喜欢你哦！」一开始不相合的两人，渐渐培养了友情。在旅程开始的日子，望着天空中飞过的传说中的宝可梦·凤王的身影，小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言。 「总有一天，会一起和它再见面！」 就这样，为了成为世界第一的宝可梦大师，开始旅行的小智与皮卡丘，在途中遇到了训练家麻琴（マコト）与爽志（ソウジ），并听到了有关凤王的传说。 「被虹色之羽引导，见到凤王的人，会成为虹之勇者。」不知何时藏在小智的影子中的，迷之宝可梦·玛夏多（マーシャドー）出现，并带领着小智一行人前往凤王居住的テンセイ山，不过此时强敌现身了。 两人最终能够见到凤王吗!?为了实现旅行开始那一天立下的誓言，现在，两个人最终成为「真正的伙伴」的冒险开始了！
