2006年7月にPlayStation2用ゲームソフトとして発売され人気を博した「ペルソナ3」の劇場版アニメーション。1日と1日の狭間に存在する「影時間」に出現する異形の怪物「シャドウ」。彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。
地下采掘不出化石燃料的克鲁森大陆。居住在这里的人们，从出生起就拥有着石英授予的能力——“魔力”！而故事的主人公莱卡特却是生活在这个世界里稀有的“没有魔力”的异类。某一日，莱卡特受到士官学 校的亲友现国王赫兹尔的召唤来到王都。奔赴王都的莱卡特从国王赫兹尔以及王妃西琼的口中得知，军事大国阿缇那斯联邦的领土侵犯以及领导前线部队的队长正是三人士官学校的好友——阿缇那斯军总司令官的弟弟赛斯，冲击性的事实让莱卡特动摇了。而随后，他被赫兹尔带到石英采掘场，这里有一台古人制造的机器人格雷姆，它利用石英作为动力驱动，但是至今为止没有一个人能使驾驶它。这个时候，现场突然遭遇敌袭，骚乱之下莱卡特意外的登上了格雷姆并成功驾驶了它。被卷入残酷战乱纷争的四名主人公们将如何面对他们的命运，魔动巨兵“格雷姆”冲击性的战斗场面，2010年，史诗般的战记启动！
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
