在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离开农场，生活在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标。 一次偶然中，艾玛发现了隐藏在这座孤儿院背后的秘密，那些离开的孩子根本就没有被领养，而是被屠宰了，生活在恩典农场的孩子们，其实就是这座农场所饲养的“牲畜”。
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
那是个战争和暴力皆被神所禁止，由“游戏”决定一切的「盘上世界」。 战无不胜的兄妹玩家，空和白降临这个世界的六千余年前，有着诞生悠久大战，开天杀星的少年和少女。 这是影响至今的最古老的神话。 那不曾被人传颂的故事，现在拉开帷幕……。
遍歴の騎士、ベディヴィエールが辿り着いた旅の果て―。 そこは西暦1273年のエルサレム。 かつての祈りの地は砂の大地と化し、民は住処を追われ三つの勢力が対峙する不毛の地。 聖都、そして獅子王の命めいを守るべく集結した「円卓の騎士」。 領地ごとこの地に召喚されるも、静かに現状打破を狙う「太陽王・オジマンディアス」。 土地を奪われた民を守り、叛逆の機会を待つ「山の民」。 己の成すべきことを果たすため、獅子王が統治する“聖都”を目指すベディヴィエールの前に現れたのは 人理を修復すべくこの地を訪れた人類最後のマスター・藤丸立香とデミ・サーヴァントのマシュ・キリエライトであった。 ベディヴィエールは藤丸たちと共に、最後の探索へと歩み出す。
