" 魔界树篇 自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣，但却分别爱上小兔和阿卫，使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现，小兔首先被露娜唤醒记忆，再次成为爱与正义的战士，保卫地球。小兔不想让其它人再度作战，努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢复了四战士的记忆，于是美少女战士再度集合，为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了，但阿卫仍未回复记忆，小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面的帮忙，却出现了一个神秘人月影骑士，也经常帮助水手服战士。小兔的胸针被卡魔人打碎后，又把银水晶镶进去，获得了更强的月水晶威力。魔界树快要枯死了，安发现它对小兔的能量有反应，于是命卡魔人把小兔捉住，献给魔界树，使它吸收小兔的能量。小卫巧合地和小兔同被魔界树捉住，魔界树吸收他们的能量后，开始急速膨胀，它的树枝把整幢大厦包围了，四位战士也来到，要救小兔和阿卫。小兔和阿卫互相关心对方，岩和安妒忌他们的亲密，攻击二人…… 黑月帝国篇 神秘少女小小兔从天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，从此寄住月野家。小卫突然要和小兔分手，小兔大为紧张，用尽方法只想再和小卫在一起。小小兔的目的原来是要找寻银水晶，救她的妈妈。她同时又被神秘的黑月帝国一族追杀，她每次被逼到无路可逃时，都会发出强大的能量，战士们于是能够朝能量发出的方向去救她。五位战士再度掌握新必杀技，对抗敌人。敌人中的魔界四姐妹，分别也拥有和四战士相似的力量，常常和战士们激战。四姐妹开始对黑月帝国的做事方法产生疑惑，加上她们的上司宇伯鲁斯对待她们的残酷手段，终于令她们改邪归正，在战士们的帮助下，重获新生。神秘新战士水手冥王星登场，使战士们对小小兔有更深的认识。经过一番波折，阿卫终于摆脱心魔，再度和小兔在一起。输送黑暗能量的暗黑之门完成，小小兔也带着众战士穿越时空，到达未来的水晶东京。在那里，战士们知道了黑月帝国的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿卫的女儿。小小兔独自走出水晶宫殿，被黑月帝国的瓦斯曼迷惑，错信父母和其它战士都不爱她，于是接受黑暗能量，变成黑暗淑女。黑月帝国狄曼特王子和沙菲尔王子被瓦斯曼杀死，瓦斯曼的野心完全暴露出来。在瓦斯曼的迷惑和战士们的真爱下，小小兔的思绪开始极度混乱，瓦斯曼见她动摇，把她和小兔、阿卫用黑暗力量包围起来，三人处境危险，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿卫用自己全部的力量不惜生命要唤醒小小兔，小小兔最终回忆起大家的好，恢复了原样，并决定为这个世界和未来的世界尽自己的努力。最终两个兔子用现在和未来的两颗银水晶打败瓦斯曼拯救了地球。最终世界和平，小小兔也回到了恢复正常的未来世界。"
从遥远的宇宙来到地球的猫型外星人——穆穆。 他为了恢复自己种族曾失去的科技力量，决心在地球学习家电技术！？ 女主角樱子的平凡大学生活，也因穆穆的到来彻底改变。 意想不到的同居生活开始，樱子接连卷入各种事件。 穆穆与樱子之间的神奇化学反应引发了一连串超级炸翻天的奇妙故事！ 家电×可爱猫咪，神奇故事等你来看！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
在纽约的罗斯福岛上，四位女主角凯特、萝丝、克莱儿以及瑞秋她们经历了在此地发生的一连串神秘自杀事件。之后她们所就读的学校因为有学生自杀（似乎被卷入了这场神秘事件）而宣告停课，而她们四人被一只神秘的蝴蝶引导到一处奇怪的地点，而她们却被一群神秘的人物宣告“死亡”；如果她们还要继续存活下来，她们只得别无选择地逐一猎杀眼前所出现的怪物。
某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。 在酒吧里，小新找到了风间，可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后，小新邂逅了名为小椿（齐藤彩夏 配音）的女孩，她不仅屡屡向小新一行人伸出援手，还替他们找到了安身之所。小椿希望有朝一日能够推翻杰士提斯的统治，小新决定助她一臂之力，广志（藤原启治 配音）发现若是想要从电影中脱身，那就必须顺应剧本将电影演完，一场精彩的大戏就此拉开序幕。
小国、威尔贝鲁国的丽塔公主为了避免战争，本来应该与大国、圣卡托兰斯国的肯尔尼亚王子政策结婚。但是丽塔却因为刺伤肯尔尼亚，并在之后与盗贼蒂娜一起从城堡里逃出。此事激怒了圣卡托兰斯国的国王，他要求在期限内将丽塔处刑，否则将发动战争。被悬赏中的丽塔与蒂娜、妖精雪莉、人工智能战车吉拉诺・德・波路杰拉克一起带着调停要求的状子往中立国、葛林达姆国逃亡。他们在途中经历各种困难，被肯尔尼亚的部下骑士盖拉哈德和赏金猎人追踪著。在旅程耽误的期间，从伤势中恢复的肯尔尼亚命令圣卡托兰斯国的精锐部队逮捕丽塔公主。在无法自由行动的状况下，被追的走投无路的丽塔，可以在期限内逃进目的地并活下来吗？同时，可以避免开战吗？
本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏最终路线“HF线”动画剧场版全三部作品中的第二章。通过女主角间桐樱的视角，讲述了御主和英灵为了得到可以实现一切愿望的圣杯而相互厮杀的一场战争。 时隔10年在冬木市爆发的这场“圣杯战争”中，因被称为“圣杯战争”御三家之一的间桐家的当家·间桐脏砚的参战而变得更畸形、扭曲和恶化。作为御主参战的卫宫士郎也在战斗中负伤还失去了英灵Saber，尽管如此士郎为了守护间桐樱，并没有从战斗中引身退出。而担心士郎身体的樱，自己也无法逃离魔法师的宿命……
