松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。 为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
2000年。在长野山中的九郎岳，正在进行某座神秘遗迹的挖掘工作，遗迹内的一具棺木中藏有一个佩戴石化腰带的古尸。 孰不知当调查团将棺木开启时，亦因此唤醒了它的死敌『古郎基』。调查团立即遭到未确认生命体的袭击而全数死亡。而在为了查出调查团被杀案件的线索，正在遗迹现场调查中的长野县刑警一条薰面前，有一名青年突然擅自闯入。这名被一条拦下的青年，他自称为冒险家五代雄介。 终于复活的未确认生命体在长野近郊出现，并开始对人们恣意袭击，甚至一路冲进警局。在场的雄介感应到从遗迹出土，由警方保管的腰带状遗物所传来的战士形象，在冒险家的直觉下将之着装于腰部。雄介的身体也随之覆上一层装甲，变身后的雄介与袭击警局的未确认生命体经过一场苦战后终于将其击倒。 随着未确认生命体不断出现于大城市东京， 五代雄介下定决心为了让周遭的人们免于恐惧，守护他们的笑容而战…… 新一代假面骑士『空我』诞生！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
在近未來的東京，人來人往的街道上突現出現了黑點，而黑點也慢慢的擴大為直徑數十公里的圓頂狀的東西並將東京給吞噬覆蓋，面對這個光景且呆立的人們在下一秒發現黑點的中心點出現了異樣的事物，後來人們改稱之為《Z/X -Zillions of enemy X-》―――。
女神祭――迷宮都市オラリオが活況に包まれる、実りの祝祭。 豊穣を象徴する女神たちは祭壇に奉られ、その中にはあの『美の女神』の姿も。 ダンジョン深層という死地から生還を果たし、日常を取り戻したベル・クラネルもまた、女神祭の賑わいを楽しむはずだった…… ――とある酒場の娘から一通の手紙が届くまでは。 『ベルさんへ 今度の女神祭、二人だけでデートしてください。 シルより』 都市の片隅、小さな酒場で固まった、少女のたったひとつの決意が、少年と迷宮都市を狂わせていく。 そして、『最強』を標榜する『強靭な勇士（ルビ：エインヘリヤル）』達が今、動き出す。 これは、少年が歩み、少女が望む――【眷族の物語（ファミリア・ミィス）】――
