成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
かつて、突如として現れた正体不明の敵・アンノウン。 「超進化鉄道開発機構」通称「ERDA（エルダ）」は、対抗手段として新幹線が変形するロボット「シンカリオン」を開発し、脅威に備えていた。 「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」 中学2年生の大成タイセイは、2年前に失踪した姉の手がかりを求めて、進開学園中等部に転入する。 その矢先、10年ぶりにアンノウンが出現。偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として高い適性値を持つことが判明し、闘う決断を迫られることとなる。 アンノウンの正体、そして目的は何なのか…。闘いの末に見えてきた真実とは…。 少年たちの決意と成長の物語が、今、始まる―。
12年前，利姆加尔德王国发生的事件在留下了巨大的谜团的情况下，正从人们的记忆中被忘却。时光流转，主人公唯和蕾娜两姐妹在艾纳斯特利亚皇国度过着平稳的日常。某天，一台巨大机体袭击了艾纳斯特利亚。以这一天为分界线，少女们的命运被卷入了漩涡当中。（转自百度百科）
遥远未来。人类大多数的人遵从信仰宗教的教义从行星离开，把领土化做了的宇宙舰队而出没于银河各地，产生类似中世纪欧洲的贵族主义横行的战乱时代。 在那个世界中古老贵族联合舰队与威迪所率领的新贵族舰队展开一场大决战。新贵族舰队获得胜利后威迪统一各国。并且建立神圣帝国对人民进行各项暴政，组成以贵族为主的政治体制。但是一位的年轻的没落贵族米歇尔提出人民解放运动并组成军队。可是在有压倒性的作战能力的神圣帝国军前，终于在帝国舰队前迎接败北。 那时，一阵好似旋风般，闪亮放光的一艘战舰击退帝国军舰。以为救世主人的出现米歇尔主动要求帮忙，但是船员们粗暴的举止和舰长疾风克雷欧那桀傲不逊的态度，让米歇尔认为他们只是干所谓海盗行为的坏蛋们。 说明了自己“以前被贵族联合毁灭了的王室唯一的幸存”的克雷欧，断言将使用这个无敌的战舰取得天下，而和威迪偶遇引发的打斗也开启两人一辈子的争斗。
《罗德斯岛战记》最先是以小说的形式出现的，水野良和安田均或许在一开始并想不到他们的小说会成为动漫界不朽的经典。真正成就了《罗德斯岛战记》的是1990年它首次作为动画OVA出现的时候，制作阵容毋庸质疑的庞大，水野良担任编辑，出浏裕的原画，结城信辉的人设，新居昭乃的音乐，在小说已经在日本奇幻文学中立住足迹后重新锁定了大众的眼球，和《BASARA》《亚尔斯兰战记》一同成为日本动漫界里的“史诗”经典。 无法避免的战乱，和灰色的云一起悄悄地逼近。 过往的英雄手持黑色之剑，进入魔物之岛，在受破坏神诅咒之地，要成为天下的霸王。 同样是过往的英雄，手上握着光辉的白剑，同样在诅咒之地，却一心要守住短暂的和平。 正直的年轻人追求母亲所相信的勇气，怀着自己的正义与同伴一起踏上艰辛的旅程： 老朋友神官是为了得到神的救赎 ，贤明的魔术师则想追寻自己的星星， 地精想要寻访纯洁的姑娘，走出光之森林的妖精少女期待着自己生命中的光辉， 重获自由的盗贼，想要找回逝去的年轻岁月，却被黑暗的思想所左右，失去了自由和心。 就如同他们各自心中的目标，随着灰色的云越来越厚，与过往英雄的对决也逐渐迫近。 而当年轻人得知父亲勇敢死亡的真相时，新的骑士传说也即将展开了....... 法恩继承了法利斯的王位，贝鲁特也在玛摩自立为王。妮丝留在玛法的神殿继续救助那些苦难的世人，渥多厌倦了世间的俗务，在圣贤之塔过起了隐居的生活。弗雷贝不知所终，卡拉也没有再出现过。魔神战争过去三十年后，六英雄已经变成传说，成为游吟诗人诗歌中的题材。但是随着妮丝养女蕾莉娅的离奇失踪，昔日的英雄即将在罗德斯掀起新的动荡。 原作：水野良（『ロードス島戦記』、『新ロードス島戦記』）／百やしきれい（『ようこそロードス島へ!』） 監督：高本宣弘 キャラクター原案：夏元雅人（『月刊少年エース』連載）、百やしきれい（『ようこそロードス島へ!』） キャラクターデザイン：そえたかずひろ、あずまのこうじ／佐々木敏子（『ようこそロードス島へ!』） シリーズ構成：長谷川勝己 撮影監督：小澤次雄、豊永安義 美術監督：小山俊久 色彩設計：杉森司 音響監督：向山宏志 音楽：和田薫 プロデューサー：岩田牧子、高城一典、田宮武 アニメーション制作：AIC 製作：テレビ東京、角川書店、丸紅、読売広告社、バンダイビジュアル
竹原明之是一名被油泥海包围的小岛－尖端岛上的普通学生，本应拥有平凡的生活，却被卷入巴士爆炸事件，成为数名寄生了‘蛭子’的人类之一，并以‘亡念之扎姆德’的身份苏醒出现在世人面前。 为了拯救因为暴走而逐渐失去自我的‘扎姆德’，‘特希克’族红发少女娜琪亚美把明之带到她寄住的赞巴尼（ザンバニ）号上，通过和各种各样的船员共同生活和工作来教授明之与‘扎姆德’共存的方式....
