与父亲生活在森林的少年铁剑，想成为天下第一剑士。在一次偶然中，他被大猩猩追击无意间到达城市，与被“剑”的魔力影响而成为鬼的高中生剑道高手鬼丸猛产生斗争，开启了寻找“剑”的旅途。
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
大野晶在登录着自己运营的游戏当中的最终BOSS“魔王·九内伯斗”的账号时， 突然被转移到了异世界中。 他与在那里遇到的腿脚不便的少女一起开始旅行，但周边的人们不会把拥有压倒性力量的“魔王”这一存在放任不管。 他被意图讨伐魔王的国家和圣女所盯上，一行人在旅途中不断引发了各种骚动……！
主角华园光的学校超精英贵族学校“私立白选馆学园高校”。 在这个有点奇怪的学校中，学生们被按照成绩好坏的顺序分到A到F的各级别中。全年级成绩最优秀的7名学生会进入"Special A"（或叫作"S·A"），这些“精英中的精英”享受特别的待遇。不仅制服和别的学生不同，并且可以在被称为乐园的温室中自修温习。所以学生们都很憧憬Special A级的学生。次一级的A级的学生也只有14名，A级的学生则是进入S·A的候补人选，只要他们的成绩能够超过S·A成员的话，他们就会入选S·A（相对的，也会有S·A成员被降入A级）。
