第三期 银河 时空之石事件之后,在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔,在获选的选手中,除了天马、剑城以及神童外,全是在其他学校首次踢球的运动选手,他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢? 此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系,是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。 除了雷门的三巨头外,其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来,且八人均是踢足球的新手。 目前新生闪电日本队没有板凳成员。 在世界大赛中禁止使用化身(所以更别说极限和体了)。
最強ギルドの座をかけ、ナツたちの新たな物語がはじまる。ナツたちが不在だった7年の間に、フィオーレ王国最弱の魔導士ギルドとなってしまった「妖精の尻尾(フェアリーテイル)」は、No.1ギルドを決める祭典・「大魔闘演武」での優勝を目指す。大会四日目、ナツ&ガジルは、現最強ギルド・「剣咬の虎(セイバートゥース)」の双竜と呼ばれるスティング&ローグと対戦。ナツは、双竜が放つ渾身の合体魔法(ユニゾンレイド)を、ギルドで育まれた想いの力と圧倒的なパワーで撃破する。この勝利により、見事1位に踊りでて歓声をあげるフェアリーテイルとそのメンバーたち。一方、対戦途中でナツにより闘技場から追いやられたガジルは、偶然にも闘技場の地下でドラゴンの死骸が大量に横たわる墓場を発見する。また、大魔闘演武の裏で暗躍する「ゼレフと似た魔力を持つ者」を探していたジェラールは、ついにその人物を追い詰めるが、素顔を見て驚愕する。大魔闘演武最終日、7月7日。この日は、かつてドラゴンが一斉に姿を消した日でもある。大会最終日の始まりとともに、それぞれの思惑が絡み合い、新たな事実が動き出そうとしていた。
少年は少女を守りたい。そう、思った。 魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉が、あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」が起きて10年、 冬木市で再び戦争が始まった。前回の「聖杯戦争」の参加者である衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は遺志を継ぎ、戦うことを決意する。 士郎のそばには、彼を慕う少女――間桐桜がいた。彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと朝食と夕食を作り、天涯孤独だった士郎と優しい日々を過ごしていた。だが「聖杯戦争」が始まると、冬木の町に流れる空気が変わった。あちこちで殺人事件が起き、不穏な空気が流れ始める。士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。 士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、魔術師の遠坂凛と同盟を結び「聖杯戦争」に臨む。 だが、その戦いは暗躍する者たちによって大きくきしみ、歪み始めていた。