在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？
故事舞台在一所名为龙鸣馆的高校，转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的近卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措，但为了喜欢的话剧，为建立话剧部而来到学生会室，这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。更糟的是，和过去有某种缘分的青梅竹马对马雷奥发生了最糟的重逢…… 武义高强的学生会风纪委员铁乙女；品学兼优，但又毒口、H的学生会长雾夜艾利卡；沉默寡言、性格孤僻，对X知识无知到发指的下级生椰子和美。还有青梅竹马的平胸受萝莉和治愈系亲友团路人女。
主角樱羽一时是一个普通的男孩，他本来认为忍者是不存在的。 他本应该过着正常，幸福与美好的日子...... 有一天，一时被人盯上了性命，并得知这都是甲贺忍者的所作所为。 为什么一时会被人盯上呢？因为他是伊贺忍者的第十九代合法继承人！ 伊贺和甲贺长年来处于对立的立场，甲贺一直都想要侵略伊贺。 一时为了活下去，也只能让自己成为忍者！ 就这样，一时投身到了无人知晓的忍者世界中。 为了成为一个成熟的忍者，不断地学习、战斗，直面困难。 但这只是一时残酷命运的开始……
