在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
描述一只黑灰斑纹的小猫跟丢母亲又找不到回家的路，在筋疲力尽累瘫之际巧遇一个跌倒的小男孩，从此由男孩一家暂时照顾。因男孩家为禁止饲养宠物的公寓，一家人还得费尽心机不让邻居发现小猫的存在，只是偏偏一直找不到饲主又和小猫日久生情。在经历某些事情后，一家人终于搬到新公寓展开全新的生活。
孤苦無依的花右京太郎，到东京附近的某座山上去投靠传说中的爷爷，当他爬上山顶还在想象过着神仙般清淡生活的爷爷家是如何的时候，眼前出现了一片辉煌的人工建筑，说是皇宫也毫不过分吧！然后，眼前尘土飞扬，再一片惊叫声中，花右京女侍队登场了！在整一个集团军似的女侍队的迎接中，太郎缺开始变身了，发红，发蓝，发绿…… 原来他竟然有不能靠近女生的体质！原来，当年花右京太郎的妈妈为了爱情和穷画家老爸私奔，跟爷爷脱离关系。天知道这个爷爷竟然是個超級有钱人，丟著一大票「女侍队」要太郎接收，自己卻落跑去玩了。所谓的「女侍队」，是为了要服侍花右京家的主人而存在，可谓是无微不至。太郎吃饭什么的就不说了，方便、洗澡、睡觉的时候都有三胞胎姐妹随时报到，这的确是有些过火。然而当太郎提出异议的时候，那帮“可怜”的女佣们就用她们会因此而下岗失业作为理由来要挟，看似什么都不懂的太郎竟然也会想象她们失业以后的生活（比如做女郎），于是乎，他也就不得不“体贴”地接受女侍们的热情招待……
再次相见的露易斯和才人。据才人所说，在森林中倒下时为一漂亮的妖精所救，总算是保住了性命。与才人的距离更近了一步的露易斯终于能够坦率的面对自己的心情 露易斯和才人受到安莉艾塔的命令和谢丝塔一起，踏上了寻找拥有不可思议力量的精灵之旅。旅途中，对于才人看待自己的心情感到不安的露易斯，渐渐对才人开始冷淡起来，于是两人的关系变得僵硬。终于在阿尔彼奥的森林中发现了金发的妖精少女缇法尼艾的露易斯一行，对于那个不可能听到的声音感到愕然。无意识的懒懒散散的才人终于惹怒了露易斯…… 由于在意决定来到学园的美少女缇法尼艾以及寄情于才人的谢丝塔，使得露易斯不能很好整理自己的心情。另外，连安莉艾塔女王都？！一方面是恋爱大混战的展开，另一方面看不见的敌人也慢慢的袭向露易斯……
樱丘高中的新学期开始了，这不仅仅意味着有许多新的面孔将出现在校园里，同时也意味着，一场轰轰烈烈的社团招募大战即将拉开帷幕。天然呆少女平泽唯（丰崎爱生 配音）对新的校园生活有着一份憧憬但也心怀忐忑，这时一个大大咧咧的女孩田井中律（佐藤聪美 配音）出现在了她的面前。在阿律的热情邀请下，有些迟钝的小唯莫名其妙的成为了“轻音部”的吉他手。来到轻音部活动室的小唯见到了贝斯手秋山澪（日笠阳子 配音），这个有些正经但又有些害羞的黑长直让小唯心生好感。但这时小唯才发现，这个传说中的轻音部，所有的社团居然就是她们三人，而按照学校的规定，凡是不满四人的社团就要被解散。怎么办？刚刚加入社团的小唯，立刻要开始为了保证社团不被解散而开始奋斗！
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
