一万年前,52张卡封印著不死的生命体,直到20世纪,这些封印被破解,使这些不死生命再次苏醒.为了阻止它们在人类的世界进行杀戮,并把他们再次封印於卡内,被称之为BOARD人类基盘史研究所的鸟丸开发变身腰带.而橘朔也和剑崎真一被委托成为假面骑士Garren和假面骑士Blade而展开他们的英雄之战.故事中的初期橘虽然有协助对抗不死生命体,但他亦对剑等人采取对抗态度,但到了故事的中段便恢复正常．故事中还有第三位由相川始变身的假面骑士，命名为卡利斯,他的正体是Undead－Joker，这亦正亦邪的角色令故事更增添丰富，最後出现的假面骑士是由睦月变身的假面骑士Leangle，一开始被梅花Ａ控制，後得剑和橘等人的帮助，最後亦恢复意志，成为正义的战士．
主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
本作的主人公都仓碧是一名大学一年级学生，他在自己曾偶然进入的一家名为“Rainy color”的咖啡店打工。在那里，有很酷的帅哥岩濑启一、轻率的樱木凉太、温和的“Rainy color”的老板古贺西昂，以及很自由奔放的业主天见浩司。就这样，围绕“Rainy color”展开的充满热情的喜剧正式开演。@www.55dys.com
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
