某一天，平静祥和的南葛市迎来了一名新的成员，他叫大空翼，是一个热爱足球的小学生。身为船长的父亲常年出海，足球就是他最好的玩伴。在此他结识石崎、大姐头等真诚的玩伴，也遇到了球场上最初的对手若林源三。随着大空翼的加入，往常在球场上名不见经传的南葛小学开始崭露头角，最终得以进入全日本少年足球大赛。在这里，大空翼遇到了无数强劲的对手，三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎。他们不仅是技战术精湛的强悍敌手，更是大空翼日后率领日本队征战全世界时最亲密的伙伴。少年们在烈日下尽情挥洒喜悦的汗水…… 本片根据高桥阳一同名漫画改编。
家财万贯，个性强势占有欲极强的道明寺司（宫下直纪 配音），个性孤僻沉默寡言的花泽类（山本耕史 配音），容貌姣好风流倜傥，在女性中有极高呼声的西门总二郎（赤井田良彦 配音），只喜欢年长女性的少妇杀手美作玲（望月祐多 配音），在白金级贵族学院英德学院中，这被称为“F4”的四人的大名无人不知，敢于反抗他们的人更是寥寥无几。可是，在菜鸟女生牧野杉菜（持田真树 配音）的眼中，他们只不过是含着金汤匙出生，衣来伸手饭来张口的没用富家大少而已。 对权贵极为痛恨的普通少女杉菜在家人的逼迫下进入英德学院就读，没想到，初来乍到的她就惹恼了令人闻风丧胆的“F4”，同时，她还要应付学校里各路性格扭曲乖僻的少爷小姐，性格强硬从不认输的杉菜会有着怎样的命运呢？
本故事的时代背景在24世纪。彼时人类在火星上进行行星地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被人称呼为「水星」（AQUA）。在此星球上有个以过去被称为水都的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯（Neo-Venezia），因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱，而其中有一种驾驶小舟穿梭于运河之间，带领观光客游览整座城市的职业，被称为领航员（Undine）。 出身于地球的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，目前在艾莉西亚和亚利亚社长的Aria Company中见习。身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。
曾经是顶级职业杀手的托雷（近藤隆 配音），因为心爱的女人水无月沙耶（丰口惠美 配音）之死金盆洗手。如今，他只是一个默默无闻的赏金猎手，但他“不详的黑猫”的名号在黑道中依然被口口相传。在搭档史恩（藤原启治 配音）和同伴兼对手林斯雷科（野上尤加奈 配音）的帮助下，托雷的隐退生活过得平淡而充实。一次行动中，托雷救下了生化人伊芙（福圆美里 配音），伊芙凭借超强战斗力和治疗能力成为了托雷的得力助手。 爱人的死让托雷明白，与其对仇恨念念不忘，认真平安的度过余生才是真确的选择。托雷不愿复仇，但敌人却不放过他。接连的几起事件使得托雷最大的敌人库利德（三木真一郎 配音）浮出水面，一群被称为使徒的敌人让朋友们的性命也受到了威胁。此时，托雷只得重新拿起武器，为了不再失去所爱的人而战斗。
在不远的未来，海平面原因不明地急速上升，导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。 曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”，潜海前往据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。 她是一位构造精密到与人类别无二致，而又感情丰富的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说道。 “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！” 在一个逐渐沉入海中的平静小镇，少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。
玄关门一打开，眼前冒出了一位小学女生—— “我依照约定来了，请收我为弟子！” 年仅十六岁便拥有将棋界最高头衔“龙王”的九头龙八一家里，出现一位名叫雏鹤爱的小学三年级生，九岁。 “什么？……弟子？你在说什么？” “……您不记得了吗？” 八一对自己答应过的事情完全没有印象，却展开了与小学女生同居的生活。受到爱直率的热情影响，八一也逐渐取回险些丧失的热忱——
