作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
传说中，圣杯是能够实现拥有者愿望的宝物。 为了让这圣杯出现必须要进行一项仪式 被圣杯所选的七位魔术师MASTER 将被赐与圣杯所选出的七位使魔SERVANT 剑士“SABER” 枪兵“LANCER” 弓兵“ARCHER” 骑兵“RIDER” 魔术师“CASTER” 暗杀者“ASSASSIN” 狂战士“BERSERKER” 魔术师必须与这七种类的使魔其中一位订下契约并证明自己是最适合圣杯的人 换言之，魔术师必须消去其它的魔术师来证明自己是最强的 这样一整个求取圣杯的仪式被称为 “圣杯战争……
ＴＶアニメの後の世界を描いた完全新作ＯＶＡがコミックス１４巻に付いてくる!! 新たなＯＰ、ＥＤを携えて桂馬が、エルシィが大活躍!! 気になるストーリーは、かつて桂馬が攻略した少女、ちひろが結成したガールズバンド２Ｂpencilsによる青春ストーリー!! さらにあのアイドルかのんも新曲と共に登場だ!!
