谋杀之谜

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

　　在人类与恐龙和平共存的远古时代，魔女潘多拉之子惨被恐龙杀害，于是她把灵魂卖给恶魔，与恐龙势不两立。但最后落得被封印。古代人恐怕魔女会有复活的一天，于是选出5位战士长眠地底。现代人类无意中将魔女释放出来，白魔道士于是唤醒战士门并组成＂恐龙战队＂与魔女作战。本作出现第一位第6战士。

　　獅子王凱是改造人，改造他的父亲獅子王麗雄在他体内放入了神奇的宝石Gストーン。獅子王凱地球的和平，和邪恶的ゾンダー展开了战斗。

ヴァンガードで運命大戦に勝利し、妹ヒカリの健康を叶えた明導アキナ。                                                                      　　運命者カードの所有者たちを招集したガブエリウスは、運命大戦の真の目的を明かす。                                                                      　　そして現れるもう一体のぬいぐるみ、シヴィルト。                                                                      　　6人の宿命者カードの所有者を引き連れたシヴィルトは、                                                                      　　勝利した者たちが願いを叶えられるという「宿命決戦」の開幕を宣言する。                                                                      　　運命vs宿命、因縁と思惑が交差する激しい戦いが始まった！

　　知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。