15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待,宣布将专攻当时最重要的神学。但是,从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天,他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问,被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
由曾担任《机动战舰》角色设定而闻名的后藤圭二担当监督的《机神大战》即将被制作成动画,搬上荧屏。《机神大战》故事讲述了人类在经历了被称为“赤道之冬”的种族灭绝危机之后,存活下来的人类开始以机器人互搏的方式重确立新的世界秩序(也就是为了重新瓜分世界)。然而代表日本参加协力机器人决斗的两位机师却是年仅13岁的少年以及14岁的少女。
马德拉斯(小林沙苗 配音),一位行迹诡异的杀手,活跃在卡萨索尼卡王国内战的战场之上。玛格丽特(桑岛法子 配音),一笔价值不菲的遗产的唯一继承人,从小打到都是养尊处优的大小姐。这两个表面上看来毫无关联的女子,其唯一的共同点就是都失去了记忆。而玛格丽特唯一记得的,只有“马德拉斯”这一个名字。 一本神秘的绘本将玛格丽特带往了卡萨索尼卡,而国际犯罪组织安纺亦盯上了玛格丽特,他们派出了特务卡罗莎(森川智之 配音)潜伏在玛格丽特身边。在卡萨索尼卡,马德拉斯和玛格丽特终于相遇了,她们决定共同寻找绘本的起源和隐藏在其中的秘密,与此同时,马德拉斯和她的指导老师潘尼莎(雪野五月 配音)一起,揭露了安纺贩卖军火,并且想要掀起世界大战的巨大阴谋。