这个世界距离我们并不遥远，你把它看作是现代社会的镜子亦为不可。 也许：无论人类怎样发展，人性是不会改变的，即使容纳这渺小人性的外壳换作了机器身体亦是一样。 无论怎样，在一个充斥着改装身体的社会里，人类的欲望得以被延续且发扬光大，由此相关的犯罪也应运而生。 由荒卷所领导的特务组织：公安9课，其实就可以算是日本社会的清洁剂。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
木叶的战士们，挺身而出吧！这是属于我们的战斗！ 云、岩、雾、砂，保护这四大国的忍者突然下落不明。而四大国因为失去了各自所拥有的血继限界忍者，便把矛头一致指向唯一没有出事的火之国。陷入疑虑与恐惧 的各大国，不排除利用发动战争来保家卫国，但如此一来，第四次忍界大战势必会因而爆发。因此，火之国的诸侯传令给木叶村，要火影务必查出事情的真相。纲手 下定了决心：「不管要付出什么代价，都要选择能够确实保住木叶村的方法」，而在这一连串事件发生的同时，卡卡西却突然宣布要脱离木叶村。「老师为什么要抛 弃我们的村子？」卡卡西所留下的「铃铛」里，寄托着他内心的信念…。在这个各自拥护忍者的大陆，五大国藉由整顿战力来维系国与国之间的和平。然而此刻，这道「危险的和平」之墙，即将面临崩毁的命运…。
齐木楠雄（神谷浩史 配音）是一名十六岁的高中二年级学生，从一出生开始，他便是一名全能超能力者，几乎掌握了一切叫得上名字的超能力，这表面上让人无比羡慕的特质却让齐木楠雄的生活陷入了无聊的绝望之中，因为他几乎不用付出任何的努力，便可以为所欲为。于是，齐木楠雄封印了自己的超能力，致力于做一个默默无闻的普通人。 然而，齐木楠雄的身上似乎散发着吸引怪咖的电波，笨蛋不良少年燃堂力（小野大辅 配音）、中二病末期患者海腾顺（岛崎信长 配音）、色胆包天的灵能力者鸟束零太（花江夏树 配音）、从头到脚从内到外都闪耀着完美光辉的照桥心美（芽野爱衣 配音），这些千奇百怪个性迥异的怪人们总是一次又一次的将力求平凡的齐木楠雄拖入麻烦之中。
庆长19年，73岁高龄的德川家康为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。是愚笨的哥哥竹千代，还是天资聪慧的弟弟国千代。在这乱世里第三代将军的继承问题落到了两大忍术宗家－－甲贺流和伊贺流的身上。家康决定由两家各派出10名最优秀的忍者（真人电影版中为各5名），进行一场生死大对决，两派之中幸存下来的一方将得到千年的荣禄，并由其支持的一方继承人继承将军的名号。
